Posléze se rodina přestěhovala do Prahy, kde Jan Bedřich absolvoval gymnázium. Dále pokračoval na filozofickou fakultu. Přátelství s profesorem Josefem Emlerem předurčilo další Novákův vědecký vývoj směřující k otázkám spojeným s pomocnými vědami historickými.

Cenné zkušenosti získal jako jeho pomocník při práci na posledním svazku edice Regesta diplomatica nec non epistolaria Bohemiae et Moraviae a podílel se i na edičním počinu Josefa Kalouska Listy zvíkovské a orlické 1357–1349. Řídil zemský archiv, podílel se také na vzniku archivní školy pro niž vyhotovil učební osnovy a několik let zde přednášel.

Znal mnoho světových jazyků a publikoval nebo se spolupodílel na několika knihách. Celý život usiloval o výstavbu nové budovy archivu. Jeho snaha nakonec slavila úspěch, ale sám Novák si díla moc neužil – zemřel pouhých pět měsíců po jeho otevření.  (sar)