Při úprku před Prusy se dostal až do Vídně, kde fungoval díky podpoře hraběte Šlika. U proslulého Georga Ch. Wagenseila studoval hru na cembalo, a když byl nemocný, zastupoval jej jako učitel v císařské rodině.

Na doporučení se pak stal dvorním učitelem. Mezi jeho žákyně patřila například Marie Antoinetta a Marie Karolina, dcery Marie Terezie. Scházel se s lidmi z vyšších společenských kruhů a vrcholu své kariéry dosáhl v letech 1761 – 1785.

Jako jeden z prvních komponoval ve Vídni německé písně, složil čtyři sonáty a koncerty, řídil výuku zpěvu císařských granátníků. Kvůli slábnoucímu zraku musel z císařských služeb odejít. Operace šedého zákalu se nezdařila a Josef A. Štěpán oslepl úplně.

Těsně před svou smrtí (5. 8. 1797 ve Vídni) napsal pro kostel v Kopidlně requiem a své jmění odkázal do fondu školy.   (sar)