Roku 1294 byl ve svých 80 letech zvolen papežem, což ho sice šokovalo, ale úřad, na nějž nebyl připraven, přijal. Časem si uvědomil, že se stal nástrojem politiky neapolského krále a na svůj úřad rezignoval.

Jeho nástupce, razantní Bonifác VIII, měl obavu, že nepřátelé jeho nekompromisní politiky starce využijí proti němu, a proto dal Celestýna internovat. Své uvěznění v malé cele na hradu Fumone Celestýn přivítal, neboť „jediné, co jsem chtěl, byla cela a oni mi jí dali". Nedlouho potom zemřel.  Aleš Jaluška